三方五湖及び周辺里地里山においては、「三方五湖世界農業遺産推進協議会」が平成28年に設置されました。この協議会には、三方五湖に設置されるすべての漁業協同組合が加入するとともに、周辺の水田稲作と梅栽培に関わる農業団体、観光業団体、林業団体、大学研究者、郷土史家、自治体などの多様な主体が参加しています。そして、三方五湖世界農業遺産推進協議会では、漁業・水田稲作・梅栽培を軸にした産業の振興を中心に、多様な主体が協働して取り組むことを確認しています。

　三方五湖世界農業遺産推進協議会では、三方五湖自然再生協議会とも連携し、三方五湖を取り巻く漁業農業の振興と生物多様性を確保する目標を共有しながら、里海湖と里地里山との連環の持続的利用を目指すこととしています。